Il museo è stato inaugurato a maggio 2010, e presenta varie eccellenze che lo rendono interessante ad un target piuttosto ampio di visitatori. Si trova all'interno dell'Ospedale del Ceppo, uno tra gli ospedali più antichi al mondo ad essere tutt'oggi funzionante e noto anche all'estero per la presenza del famoso fregio di scuola robbiana, che attira turisti da tutto il mondo.

Il museo propone, infatti, un ricostruzione della storia dell'ospedale, a partire da un sito archeologico sotterraneo lungo quasi 700 metri e il cui progetto di recupero è stato curato dall' IRSA, Istituto di Ricerche Storiche Archeologiche di Pistoia

La visita prosegue con l'anfiteatro anatomico più piccolo del mondo e una ragguardevole collezione di ferri chirurgici.
Il museo fa inoltre parte di una rete museale che include anche il Museo Ferrucciano di Gavinana, incentrato sulla figura di Francesco Ferrucci; il Museo della Rupe di Orvieto, altro interessante sito ipogeo e il Museo della SMI (Società Metallurgica Italiana) a Campotizzoro, di prossima apertura, dove sono perfettamente conservati rifugi antiaerei della seconda guerra mondiale ad una profondità che varia da 15 a 30 metri.

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